菌种活化是指将生产中的微生物资源及其代谢产物在特定条件下进行快速繁殖、分离、纯化的过程，其目的是提高微生物代谢产物的合成、分泌及代谢能力，实现微生物高效生产工业化。
科学合理地进行菌种活化，不仅可以提高微生物代谢产物的合成、分泌及代谢能力，还可以大大缩短菌种筛选的时间，缩小工艺的成本，并且可以加快微生物资源的开发速度，推动微生物产业的发展。
进行菌种活化的条件主要包括温度、pH值、饱和度、某些特定物质、搅拌速度等，其中最重要的是温度和气氛。对于温度，应该选择适当的发酵温度，太高或太低都会导致微生物代谢产物的生成效率降低。气氛可以选择氧气、二氧化碳等不同的气体组成，以满足不同微生物的代谢需求。
同时，菌种活化过程中也需要注意一些问题，如原料的准备、菌液的搅拌、加热、消毒等，这些环节对于菌种活化的效果和成本都有着不可忽视的影响。
科学合理的菌种活化方法可以提高微生物代谢产物的产量和质量，降低工艺成本，实现微生物产业的可持续发展，将会在众多领域得到广泛应用。
